ロビー活動
世界遺産への関心が高まるにつれ、世界遺産委員会の規模も大きくなってきました。審議に直接参加するのは加盟国と諮問機関のみだが、オブザーバーが参加することも多い。第32回世界遺産委員会では、開催国のカナダが「会場が参加者全員を収容できない可能性がある」と警告するほどだった。
こうした注目度の高まりの中で、各国は自国の世界遺産の登録を求めるロビー活動を積極的に行っている。前述のように諮問機関の勧告が覆され、逆登録が相次いでいるが、背景にはこうしたロビー活動の過熱もある。
実質的にどの物件を登録するかを決定していた頃、同局から世界遺産委員会までの約半年間はロビー活動の期間であった。また、事務局での登録審査が廃止された際には、世界遺産委員会に一本化することで、ロビー活動を抑制できるのではないかと期待されていた。しかし実際には、諮問機関の勧告から世界遺産委員会の開催までの約6週間で激しいロビー活動が行われた。
国際自然保護連合（IUCN）は以前、リストの信頼性の低さに懸念を表明していた。
翌年の世界遺産条約採択40周年記念最終会合では、ベルント・フォン・ドルステ元世界遺産センター長も、世界遺産制度が専門家中心から外交官中心に変わることへの懸念を表明し、第41回世界遺産委員会（2017年）では、委員長を務めたヤチェク・プルフラ氏（ポーランド語版）が、政治的な議論になるよう繰り返し諭した。
民族・領土問題
世界遺産は保有国が推薦するものであるため、帰属の問題が解決されていないものを推薦すると、関係国間で紛争になる可能性があります。例えば、タイとカンボジアの国境にあるプレアビヒア寺院は、タイ外相との合意に基づきカンボジアの世界遺産に登録されたが、タイ国民の反発を招き、タイとカンボジアの国境紛争に発展した。
また、アラブ諸国とイスラエルの間でも度々問題になっている。イスラエルは「顕著な普遍的価値がある」と諮問機関に認められた「ダンの三本のアーチ」を推奨しているが、国境に近いという立地に関する法的問題から、審議が先延ばしにされ、登録が先延ばしにされることが多かった。
一方、登録はされているものの、そのたびに問題になるのがパレスチナの世界遺産である。パレスチナは世界遺産登録と領土の認定が連動していることから、世界遺産条約の締結以来、積極的に推薦を行ってきたが、3件連続で緊急に登録の候補に挙がるなど、審議の度に大混乱に陥っており、いずれも採決が行われた。特に、3件目のヘブロン旧市街（アルカリル）の登録は、イスラエルと米国の強い反発を招き、両国のユネスコからの離脱につながった。しかし、パレスチナがユネスコに加盟した時点で、米国は国内法上の世界遺産基金への拠出を停止しており、ユネスコも米国の議決権を停止していた。このように、今回のユネスコ脱退発表が新たな実害をもたらす可能性は低いが、世界遺産基金の5分の1以上を占める米国の分担金の拠出停止が長期化したことで、基金に深刻な財政不足が生じている。
民族間の軋轢は国際的なものだけでなく、国内でも起こりうる。中華人民共和国の世界遺産では、雲南三河の保護のため、保護地域で伝統的な農業や牧畜に従事していたチベット・ブルマ派の少数民族500世帯が強制移転された。2017年の青海柯強西里の登録も、同地域のチベット人への統制強化の原因になるのではないかとの懸念が報道された。
歴史認識
米国が棄権した理由は、「戦争遺跡は世界遺産条約の対象外」という立場をとっていたからです。
世界遺産の登録に関しては、国によって認識が異なる問題が出てくると問題が生じることがあります。例えば、高句麗の古墳の登録は、高句麗が中国の歴史なのか朝鮮の歴史なのかをめぐる高句麗論争で2年後に争われました。まず、2003年に世界遺産委員会が北朝鮮の国内遺跡を独自に審議した際、中国にも同様の遺跡があると指摘され、審議は翌年に延期された。この時の委員会には中国も含まれており、北東工程を進めていた中国が北朝鮮の進出を嫌ったのではないかと推測されている。翌年の審議では、将来的には両者を統一することが望ましいとの決議を得て、初期の高句麗都・古墳（中国）と高句麗古墳（北朝鮮）を別々に登録することが決定された。
この場合、中国は高句麗文化は中国文化の一部であるとの主張を繰り返したが、韓国はそのような主張に強く反発し、北朝鮮に支援を仰いだ。
中国は原爆ドームの登録に反対し、米国は棄権したが、中国は日本が被害者側だけを強調して政治利用することを懸念した。その結果、日本側の要請で6月局に登録申請をせず、委員会審議直前に特別局に持ち越された。
また、韓国側は、製鉄、造船、石炭の明治産業の登録を明治に限定するという日本の主張に納得できず、日本の明治に限定するという主張に反対して当時のユネスコ事務局長イリナ・ボコバ氏に働きかけただけでなく、慣例的に禁止行為とされている推薦前諮問機関にも働きかけた。最終的には日韓協議を踏まえて登録されたが、審議では各国の祝辞を省くなど異例の措置がとられた。