世界遺産は、その内容によって「文化遺産」「自然遺産」「複合遺産」の3つに分類される。日本の文献では、無形文化遺産を単に「世界遺産」と呼ぶことが多いが、後述するように、世界遺産条約の対象外であり、世界遺産委員会が扱う「文化遺産」には含まれていない。内容分類の他にも、国際的な対応の優先度が高い「危険にさらされている世界遺産」（World Heritage in Danger）や、「2カ国以上で保有されているトランスナショナルな資産」、非公式な分類ではあるが日本語で広く使われている「ネガティブな世界遺産」などがあります。
文化遺産
文化遺産とは、世界遺産条約第1条で定義されているもので、歴史的、芸術的、学術的に卓越した普遍的価値を持つ記念碑的な作品、建造物、遺跡などを含む。世界文化遺産と呼ばれることが多い。
基本的な分類は上記3つのままであるが、上述のように1992年に文化的景観という概念が追加され、その後、産業遺産や文化の道など様々な分類が追加されている。研究の深化とともに文化遺産の範囲は拡大しており、そのためICOMOSは世界文化遺産のリストは「オープンリスト」になる可能性が高いと指摘しています。
自然遺産
自然遺産は、世界遺産条約第2条で定義されています。その定義には、「鑑賞または学術の観点から顕著な普遍的価値を有する無生物の物体または生物の生産物または生産物の群からなる特徴的な自然地域」、「学術または保全の観点から顕著な普遍的価値を有する地質学的または地形学的な地層および絶滅の恐れのある動物または植物の生息地または自生地として定められた地域」、「学術、保全または景観の観点から顕著な普遍的価値を有する自然景勝地および自然地域として定められた地域」が含まれます。世界自然遺産と呼ばれることが多い。
文化遺産の場合は、ICOMOSがテーマ別調査を実施して様々な文化遺産を調査してきたが、IUCNは少なくとも第39回世界遺産委員会（2015年）の時点では、財政事情により自然遺産についてはテーマ別調査を実施していないことを明らかにしている。しかし、文化遺産とは異なり、自然遺産の価値は当初から安定しており、1982年までにIUCNは自然遺産として登録すべき遺産の種類を網羅した世界的なカタログをまとめていた。そのため、IUCNは自然遺産（および複合遺産）の「クローズドリスト」を目指しており、その限界は250～300件とされている。
複合遺産
1979年に最初の複合遺産が登録されましたが、世界遺産条約には直接の規定がなく、作業指針にも長らく明記されていませんでした。しかし、2005年の改訂では、作業指針の第46項で定義された。
複合遺産には、最初からそのように登録されているものだけでなく、自然遺産として登録されているものだけでなく、文化的な側面が認識されて複雑になったもの、あるいは逆に文化的な側面が認識されて複雑になったものが自然遺産として登録されているものも含まれます。後者のカテゴリーに登録された最初の例は、カンペチェ州のマヤ古都カラクムルと熱帯保護林（メキシコ、2014年に拡大）でしたが、この審議の難しさを鑑み、諮問機関の情報交換の仕方などが変更されました。
危機遺産
内容別に分類されているわけではないが、後世に残すことが困難になってきたものや懸念の強いものは、「危険な世界遺産リスト」（世界遺産条約第11条第4項、作業指針第177～191項）に追加され、別途保存・修復の注意が払われることになる。
また、世界遺産条約や作業指針では危機遺産についても詳細に規定されており、制度の中核概念とされている。世界遺産リストへの推薦は国の政府しかできないのとは対照的に、世界遺産リストへの登録申請は、個人や団体が提出したものであっても、適切な根拠が示されれば受理され、検討される可能性がある。
2013年にはシリアの内戦などを理由にシリアの世界遺産6件すべてがリストに登録され、2016年にはリビアの内戦などを理由にリビアの世界遺産5件すべてがリストに登録された…。2019年の第43回世界遺産委員会終了時点で、危機遺産リストに登録されている物件は53件である。しかし、これらの物件を保有している国の中には、不名誉なものとの認識から危機遺産リストへの登録に強い抵抗感を示している国もあり、危機遺産リストに登録されるはずの物件であっても、なかなか登録が実現しないのが現実である。このような「隠された危機遺産」が、公式に危機遺産リストに掲載されているもの以外にも増えていることを危惧する声もある。